La scultura fu commissionata pro anime sue et suorum da Francesco, priore della chiesa di S. Sisto, come si legge nella lapide marmorea scolpita legata all'immagine. Trasferito nella vicina chiesa di S. Rocchino nel 1788, il crocifisso è stato restaurato negli anni Novanta del secolo scorso e riportato nella sua sede originaria. L'intaglio conserva parte della policromia originale, visbile nella parte inferiore della veste. Il collegamento con una data precisa è elemento di grande rilevanza, sia per l'analisi della scultura, che si distanzia dal suo prototipo lucchese, sia per una precisa valutazione della diffusione del culto del Volto Santo a Pisa nel XIV secolo, di cui resta testimonianza nel frammentario affresco proveniente dalla chiesa di S. Giovanni in Spazzavento (Museo Nazionale di San Matteo) e nella notizia riguardante una copia lignea del crocifisso, oggi perduta, già presente nella chiesa del Carmine.